Savantul Ion Hâncu, în lucrarea sa Vetre strămoșești din Republica Moldova, scrie că „arheologii au identificat la Mereșeni urmele unui sat întemeiat după cucerirea Daciei de armatele Imperiului Roman în anul 106. Locuitorii acestuia cultivau pământul, creșteau vite, își înălțau case, întrețineau relații comerciale intense cu orașele din vecinătate. Satul și-a încheiat existența în anul 376, când a fost devastat și incendiat în urma invaziei hunilor”.
Actualul sat a fost menționat în scris la 14 septembrie 1621 în timpul domniei voievodului Iliaș. S-a păstrat un zapis al marilor boieri de la Curtea Domnească, prin care Ionașcu Negruță, feciorul lui Negruță bătrânul, vinde o jumătate de moșie din satul Mereșeni lui Enache postelnicul cu 30 de galbeni. Satul ființa, căci despre vechimea lui, același zapis stipulează „…ale cărui privilegiu le-a pierdut din cauza tătarilor, când a venit Ștefan Tomșa la domnie”. Domnitorul Radu Mihnea confirma această cumpărătură la 25 martie 1624.
